Während der Zeit der Nationalsozialisten, im Jahr 1939, wurden die Schule und das Internat geschlossen. Das Gebäude sollte beschlagnahmt und militärischen Zwecken zugeführt werden. Der damalige Landrat in Bersenbrück veranlasste, dass die Entbindungsstationen von Osnabrück ins Marienstift evakuiert wurden. Auch aus anderen bombengeschädigten Großstädten wurden seit August 1942 bis Kriegsendewerdende Mütter und Säuglinge aufgenommen, so aus den Städten Bremen, Hamburg, Ganderkesee.

Deswegen wurden in dieser Zeit einige hundert Kinder im St. Marienstift geboren. Die Leitung lag in den Händen der NSV (Nationalsozialistische Volkswohlfahrt), den Ordensschwestern des Marienstiftes war der Kontakt zu den Müttern und Kindern verboten.