Nach den Wirren der Reformationszeit wurde die Quakenbrücker Kirche St. Sylvester (1235 erstmals erwähnt) der evangelischen Mehrheit zugesprochen. Die Katholiken konnten von der Hälfte des Kirchenkapitals ein neues Gotteshaus am Marktplatz errichten.

Der Bau der Marienkirche begann 1661 und wurde erst 1696 fertiggestellt. Franziskanerpatres betreuten die Gemeinde und bewohnten das Pfarrhaus hinter der Kirche (heute Burgstraße 1).  Im 19 Jh. erhielt das Gotteshaus den 50 m hohen Backsteinturm.

Am 3. Februar 1945 wurde die Kirche bis auf den Turm zerstört. Der Wiederaufbau erfolgte nach einem Entwurf des Architekten Feldwisch-Drentrup aus Osnabrück. Eine Neugestaltung erfuhr der Innenraum im Jahre 2000. Der Neuanstrich und die Orgelsanierung erfolgte in 2019.

Das Patrozinium der Gemeinde ist am 08. Dezember.